原料問題一直是一個困擾生物質能產業的大問題，也是發展該產業必須面對和解決的問題。
根據不使用糧食和不占用耕地的基本方針及原則，我國從“十一五”開始實施非糧替代戰略。
因生物質能涉及農業、林業、工業、能源和環境，原料問題的完美解決，可帶來各方面的共贏。拓寬我國制造生物乙醇的原料，是一個較復雜的問題，涉及到原料收集、制備，能源作物、植物甚至微藻、水生植物等的培養。
首先，在農業、林業方面，應加大高產、耐貧瘠、抗逆性好的木薯、甜高粱等淀粉質或糖質原料以及能源林、能源草等纖維原料品種的培育，利用宜能非耕等邊際性土地、鹽堿地、沙漠等，大量種植，滿足燃料乙醇生產的需要;同時，開發高效率的機械化收割、捆綁、就地成型、儲存、運輸等技術，降低原料成本。
其次，在環境治理方面，可結合污染土地治理，種植高產雜交水稻等，專門用于燃料乙醇的生產，但應嚴格管理，避免毒大米等流入餐桌。
結合水體治理，開發生長周期短、淀粉纖維質等含量高的浮萍等水生植物以及微藻等，作為未來生物質液體燃料的潛在原料。
另外，可利用近海海域大力發展富含淀粉、纖維和海藻多糖的大型海草(褐藻、紅藻等)的種殖，同樣也有巨大的轉化燃料乙醇等液體燃料的發展潛力。
在政府的補貼方面，以安徽豐原生物化學股份有限公司為例，2005年該公司每噸燃料乙醇補貼1883元。
目前以糧食為原料的第一代燃料乙醇補貼標準為300元/噸，以木薯為原料的第1.5代燃料乙醇補貼標準為500元/噸，第二代燃料乙醇標準為800元/噸。
另外，對纖維乙醇這一有前景的液體燃料，對先進技術的研發應給予大力支持;對商品化的纖維乙醇工廠，應根據成本給予合理的補貼和稅收優惠，促進其發展。
同時，燃料乙醇行業要加強自身的技術進步及產業鏈的延長，形成多聯產的生物煉制產業，以降低成本。相信隨著技術的進步和油價的上漲，燃料乙醇最終會擺脫對政府財政的依賴。
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