一、政策的不確定性
早期政策導向偏頗, 氫能源發展意識不足，導致資金過多投向金屬電池汽車產業，氫能源汽車產業投資受到擠壓。2017年實施的雙積分制度，初衷是為了建立推動新能源汽車發展的長效機制，實現傳統汽車降低油耗和擴大新能源汽車產銷規模，但由于已有車企只需減少碳排放或者通過非法交易獲得新能源積分，大多數傳統企業沒有動力轉型氫能源汽車產業發展，而是將更多精力發展混合動力汽車或者純電動汽車。
二、技術的不確定性
雖然我國氫能源汽車產業技術上有了一定發展，但在制氫、儲氫、燃料電池、加氫站、商業化等環節還存在明顯短板。此外，供氫系統故障、冷卻系統故障、燃料電池模塊故障、燃料電池DCDC故障、輔助系統故障和絕緣故障等六大問題亟待解決。
三、需求的不確定性
氫能源和氫燃料電池進入市場的時間和節奏、市場需求和欲望，依然不好把握，亟需政府進行干預以便保持穩定需求量。氫能源汽車當前存在產業鏈難以貫通的困境，特別是氫氣供應仍然是制約產業發展的環節，常規的氫氣產業運營模式暫時無法與新興的燃料電池應用產品無縫銜接，安全輕便的儲氫材料還沒有出現，這使得氫能產品商業化進展十分緩慢。氫能與燃料電池技術突破、燃料電池成本下降不及預期，加上氫能知識普及缺失和不足，使得氫燃料電池和氫能源汽車市場化短期內沒有達到應有效果。
四、競爭的不確定性
由于競爭政策的設計和實施存在嚴重不足，原有企業和新進入市場者仍存在沖突。市場在位者往往投入大量研發成本，而新進入者則通過非法手段竊取技術專利或者在已有研究水平上搭便車進行更新換代，從而出現后來居上和打壓原有市場在位者的情況，使得很多大型企業不愿意投入巨資研發，而是繼續觀望等待技術的突破或成熟，阻礙了氫能源汽車產業的發展。
五、應用推廣進程緩慢
在基礎設施方面，配套仍比較落后。管網運氫大概只有400公里左右，加氫站至2018年底只有23座，世界排名第一的日本則擁有96座。在整車制造方面，生產數量依然十分有限。截至2019年，中國氫能源汽車產業集群達到60家企業，但是氫能源汽車產量不足3000輛。北上廣深等大城市未能形成氫能源汽車產業集群，引領帶動氫能汽車產業發展，產業只是集聚于張家口、常熟等中小城市。
六、標準制定滯后
美國、日本分別在氫燃料電池技術標準和氫能源汽車標準上走在世界前端。我國相關政府部門管理權限分散，行業標準制定與認定的孤島隔閡現象較為嚴重，導致氫能源產業技術標準單一、籠統、松垮和割裂，汽車行業、氫燃料電池行業、純氫制備行業等領域的標準制定較為粗糙，產業國際話語權嚴重不足。
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