1、該項目變更環境影響評價文件未經環保部審批即擅自變更建設，違反了《環境影響評價法》的有關規定，違法行為已經查處。建設單位必須認真吸取教訓，增強守法意識，維護企業的環境信用，杜絕違法行為再次發生。
2、該項目建設地點位于云南省滇中產業聚集區安寧組團草鋪工業園區。2012年7月，環保部以環審〔2012〕199號文批復了《中國石油云南1000萬噸/年煉油項目環境影響報告書》，建設內容主要包括新建1000萬噸/年常減壓蒸餾等15套主體裝置。
該項目建設過程中主體工程建設規模、加工工藝以及公輔工程、儲運工程和環保工程等內容發生變動，主要變動內容包括原油加工規模由1000萬噸/年增至1300萬噸/年，總體加工工藝路線在原“常減壓蒸餾—蠟油加氫裂化—渣油加氫脫硫—重油催化裂化”全加氫工藝的基礎上增加了延遲焦化。變動后，該項目主體工程仍為15套裝置，其中渣油加氫脫硫和催化裂化2套裝置規模不變，新增1×120萬噸/年延遲焦化裝置、取消1×15萬噸/年聚丙烯裝置，其余常減壓、航煤加氫、異構化、硫磺回收等12套裝置規模增加。儲罐由118座增至153座，總罐容由179.37萬立方米增至229.96萬立方米，其中10萬立方米原油儲罐由4座增至10座。平面布置進行了調整，車用油品質量由歐IV升至國V。
2015年8月24日，環境保護部向中石油云南石化有限公司發出環法[2015]70號行政處罰決定書，叫停違法建設的云南安寧煉油項目，并處以20萬元罰款。
項目擅自調整違規開工被叫停
雖然云南省屬資源大省，油氣資源卻較為缺乏。由于一直以來并沒有配置煉化基地，也使昆明成為每年鬧“油荒”的重災區。
2009年，中石油與緬甸能源部簽署了中緬原油管道權利與義務協議，中緬兩國計劃籌建一條原油管道，建成后，海上進口原油和緬甸天然氣資源將通過陸地輸油管道的方式，繞開馬六甲海峽直接輸送至中國，而中石油則負責這條原油管道項目的建設與營運。
中石油1000萬噸煉油項目便是中緬油氣管道工程其中的一個配套項目，后來云南在與重慶的角逐中贏得了這個項目，中石油1000萬噸煉油項目也曾一度令云南省政府引以為豪。此前，有專家分析，中石油1000萬噸煉油項目在云南落成后，每年至少能給當地帶來逾千億元的GDP。
最終，煉油項目獲批在云南省安寧市落戶。安寧市位于云南省中部腹地，距離昆明市約40公里，區域內鹽、鐵、磷等資源儲量巨大。該項目開建后，安寧市便把石油產業集群作為該市最重要的一個發展目標。
2012年，環保部審批了《關于中國石油云南1000萬噸/年煉油項目環境影響報告書》。2013年2月開工建設。
之后不斷被媒體曝光的信息顯示，中石油云南石化分公司并未按照此前獲批的環評報告進行建設，存在未批先建和擅自改變生產工藝的嫌疑。有環保組織從中石油云南石化分公司的招標公告等信息判斷出項目已擅自將產量由1000萬噸每年擴產至1300每年。
中石油2015年4月15日發布《中國石油云南1000萬噸/年煉油項目優化調整環境影響評價信息公告》稱，在項目建設過程中，建設單位擬對該項目進行優化調整，調整內容主要有：擬增設汽油加氫裝置輕汽油醚化單元，汽、柴油全部達到國Ⅴ質量標準；擬增設制氫聯合裝置PSA4單元，回收氫氣、節能降耗；優化廢氣、廢水及固體廢物治理等環境保護措施；擬增設延遲焦化裝置，取消聚丙烯裝置，對常減壓等12套裝置規模進行適應性調整，渣油加氫和催化裂化裝置規模不變，項目原油加工能力從1000萬噸/年調整為1300萬噸/年；增加原油儲存能力，優化調整項目總平面布置；項目建設地點不變。
